Aplikasi kriptografi pertama yang diketahui dipercayai penggunaan hieroglif khas kira-kira 4.000 tahun yang lalu di Mesir Kuno. Unsur-unsur kriptografi telah ditemukan dalam prasasti Kerajaan Lama dan Tengah, teks kriptografi sepenuhnya telah diketahui sejak zaman dinasti XVIII. Penulisan hieroglif, yang berasal dari piktograf, penuh dengan ideogram dan, sebagai akibat dari kurangnya vokalisasi, memungkinkan untuk membuat fonogram sesuai dengan prinsip teka-teki.
Kriptografi orang Mesir tidak digunakan untuk membuatnya sukar dibaca, melainkan, dengan hasrat para jurutulis untuk mengatasi satu sama lain dalam kecerdasan dan kepintaran, serta, dengan bantuan keanehan dan misteri, untuk menarik perhatian kepada teks mereka. Salah satu contoh ilustrasi adalah teks pemuliaan bangsawan Khnumhotep II (abad XIX SM) yang dijumpai di makam terpelihara No. BH 3 di kawasan Beni Hasan.
Orang Mesir kuno menggunakan sekurang-kurangnya tiga sistem penyulitan.
Dalam teks-teks India kuno, di antara 64 seni, kaedah menukar teks dinamakan, beberapa di antaranya dapat dikaitkan dengan yang kriptografi. Pengarang tablet dengan resipi pembuatan glasir tembikar dari Mesopotamia menggunakan sebutan jarang, menghilangkan huruf, dan mengganti nama dengan nombor untuk menyembunyikan apa yang ditulis. Di masa depan, terdapat pelbagai rujukan mengenai penggunaan kriptografi, yang kebanyakannya berkaitan dengan penggunaan dalam urusan ketenteraan.
Dengan munculnya tulisan fonetik, penulisan segera dipermudahkan. Dalam abjad Semit kuno pada milenium II SM, hanya terdapat sekitar 30 watak. Mereka menandakan konsonan, serta beberapa bunyi dan suku kata vokal. Penyederhanaan penulisan membawa kepada pengembangan kriptografi dan penyulitan.
Contoh penggunaan kriptografi dapat dijumpai dalam buku-buku Yahudi suci, termasuk buku nabi Yeremia (abad ke-6 SM), di mana kaedah penyulitan sederhana yang disebut atbash digunakan. Daripada huruf pertama abjad, mereka menulis yang terakhir, bukan yang kedua - yang kedua, dan seterusnya.
Salah satu alat kriptografi tertua yang diketahui adalah skitala, juga dikenal sebagai "cipher of Sparta kuno". Skitala (atau scitala dari anjingτάλη Yunani, tongkat sihir) adalah alat yang digunakan untuk melakukan enkripsi permutasi. Skitala itu terdiri dari silinder dan jalur perkamen sempit yang melilitnya dalam lingkaran, di mana sebuah pesan ditulis. Peranti ini diciptakan oleh orang Spartan dan diketahui telah digunakan dalam perang Sparta melawan Athens pada akhir abad ke-5 SM. e.
