Laporkan hasil analisis genetik sampel tisu dari mumia yang terdapat di Peru. Laporan ini disiapkan pada bulan November 2018.
Pelakon
- Makmal CEN4GEN (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Canada T6E 6T9) - Penyediaan sampel dan penjujukan.
- ABRAXAS BIOSYSTEMS SAPI DE CV (Mexico) - analisis data komputer.
Setelah analisis awal untuk kualiti, 3 sampel diambil dari 7 sampel yang dihantar untuk analisis selanjutnya.
Sampel untuk analisis
| Jawatan | nama asal | Nama bersyarat | Gambar |
| Purba-0002 | Tulang Leher Med Duduk 00-12 Victoria 4 | Victoria | Rajah 3.117 |
| Purba-0003 | 1 Tangan 001 | Pisahkan tangan dengan 3 jari | Rajah 3.118 |
| Purba-0004 | Momia 5 - DNA | Victoria | Rajah 3.117 |
Untuk sampel ini, operasi berikut dilakukan:
Video promosi:
- Pengekstrakan DNA.
- Pemeriksaan kualiti DNA.
- Pendaraban DNA.
- Penciptaan perpustakaan DNA.
- Penjujukan DNA.
- Pembentukan data urutan yang disucikan.
- Kawalan kualiti.
- Analisis awal dengan overlay DNA membaca pada genom manusia.
- Analisis untuk pengasingan DNA pendek membaca khas DNA purba.
- Overlay DNA Ancient0003 membaca pada perpustakaan genom manusia yang ada.
- Analisis mitokondria untuk mengesan varian gelung D dan laman maklumat lain untuk penentuan haplotip mitokondria.
- Penentuan jantina sampel Ancient0003.
- Pengenalpastian kemungkinan organisma asing dalam sampel.
- Analisis pangkalan data DNA untuk mengenal pasti persamaan dengan organisma yang diketahui.
Rajah 3.117. Mengeluarkan sampel dari leher Victoria.
Untuk mengenal pasti kemungkinan jenis organisma yang terdapat dalam sampel Ancient0004 dan Ancient0002 (Victoria), dilakukan lakaran DNA (Ondov et al., 2016), di mana kumpulan serpihan pendek, k-mers, dibandingkan dengan pangkalan data yang ada. Perisian BBTools telah digunakan.
Organisma berikut diuji:
- Bakteria.
- Virus.
- Plasmid.
- Fasa.
- Kulat.
- Plastid.
- Diatom.
- Manusia.
- Bos Taurus.
- H penzbergensis.
- PhaseolusVulgaris.
-
Mix2: Label untuk genom berikut:
- Lotus japonicus chloroplast, genom lengkap.
- Canis lupus familiaris keluarga reseptor penciuman cOR9S3P 9 subfamili S pseudogene (cOR9S3P) pada kromosom 25.
- Vigna radiata mitokondria, genom lengkap.
- Millettia pinnata kloroplas, genom lengkap.
- Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, urutan senapang genom keseluruhan.
- Asinibacterium sp. OR53 scaffold1, urutan senapang genom keseluruhan.
- Bacillus firmus strain LK28 32, urutan senapang genom keseluruhan.
- Kloroplas Bupleurum falcatum, genom lengkap.
- Alicycliphilus sp. B1, urutan senapang genom keseluruhan.
- Bacillus litoralis strain C44 Scaffold1, urutan senapang genom keseluruhan.
- Chryseobacterium takakiae strain DSM 26898, urutan senapang genom keseluruhan.
- Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
- Bacillus halosaccharovorans regangan DSM 25387 Scaffold3, urutan senapang genom keseluruhan.
- Bakteria Rhodospirillales URHD0017, urutan senapang genom keseluruhan.
- Bacillus onubensis strain 10J4 10J4_trimmed_contig_26, urutan senapang genom keseluruhan.
- Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, urutan senapang genom keseluruhan.
- Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, urutan senapang genom keseluruhan.
-
Vertebrata: Label untuk genom berikut:
- Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
- bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
- bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
- GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
- GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
- GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
- GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
- Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
- rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
- Protozoa.
Rajah 3.118. Gambar dan radiografi dua tangan tiga jari.
Setelah semua saringan, 27974521 bacaan untuk Ancient0002 dan 304785398 bacaan untuk Ancient0004 diterima. Ini menunjukkan bahawa 27% DNA dari sampel Ancient0002 dan 90% DNA dari sampel Ancient0004 tidak dapat dikenali dengan sampel DNA organisma yang dianalisis dari pangkalan data yang ada.
Tahap analisis seterusnya dilakukan menggunakan perisian megahit v1.1.3 (Li et al., 2016). Hasil berikut diperoleh:
- Ancient0002: 60852 contigs, total 50459431 bp, min 300 bp, max 24990 bp, avg 829 bp, N50 868 bp, 884.385 (5.39%) bacaan terkumpul.
- Ancient0003: 54273 contigs, total 52727201 bp, min 300 bp, max 35094 bp, avg 972 bp, N50 1200 bp, 20.247.568 (65.69%) bacaan yang dipasang.
Hasil analisis ditunjukkan dalam rajah.
Rajah 3.116. Nisbah bacaan diklasifikasikan untuk 28073655 bacaan Ancient0002 (grafik atas) dan 25084962 bacaan Ancient0004 (grafik bawah) berbanding dengan 34904805 pangkalan DNA yang mewakili 1109518 kumpulan taksonomi.
Kesimpulannya
Sebagai hasil analisis, ditunjukkan bahawa sampel Ancient0002 dan Ancient0004 (Victoria) tidak sesuai dengan genom manusia, sedangkan sampel Ancient0003 sesuai dengan yang sama dengan manusia.
Ulasan oleh Korotkov K. G
Perhatikan bahawa tangan tiga jari itu milik makhluk besar, ukurannya sebanding dengan Maria, dan hasil yang diperoleh sesuai dengan hasil analisis DNA Maria. Victoria adalah wakil "makhluk kecil", dan hasilnya menunjukkan bahawa DNA mereka tidak sepadan dengan makhluk duniawi moden. Secara semula jadi, kita tidak mempunyai data mengenai makhluk purba yang telah hilang selama berjuta-juta tahun.
Pautan
- Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., & Zody, MC (2018). taxMaps: pengkelasan taksonomi yang komprehensif dan sangat tepat bagi data bacaan pendek dalam masa yang munasabah. Penyelidikan Genom, 28 (5), 751-758.
- Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Membandingkan prestasi tiga kaedah pengekstrakan DNA kuno untuk penjujukan throughput tinggi. Sumber Ekologi Molekul, 16 (2), 459-469.
- Huang, W., Li, L., Myers, JR, & Marth, GT (2012). SENI: simulator membaca penjujukan generasi seterusnya. Bioinformatik, 28 (4), 593-594.
- Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Ting, H.-F., Sadakane, K., … Lam, T.-W. (2016). MEGAHIT v1.0: Pengumpul metagenome cepat dan berskala yang didorong oleh metodologi dan amalan masyarakat yang maju. Kaedah, 102, 3-11.
- Ondov, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S., & Phillippy, AM (2016). Mash: anggaran jarak genom dan metagenome cepat menggunakan MinHash. Biologi Genom, 17 (1), 132.
- Schubert, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Pencirian genom kuno dan moden dengan pengesanan SNP dan analisis filogenomik dan metagenomik menggunakan PALEOMIX. Protokol Alam, 9 (5), 1056-1082.
- Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA-Server: analisis data penjujukan generasi seterusnya DNA mitokondria manusia di awan. Penyelidikan Asid Nukleik, 44 (W1), W64-W69.
- Zhang, J., Kobert, K., Flouri, T., & Stamatakis, A. (2014). PEAR: gabungan gabungan Illumina Paired-End yang cepat dan tepat. Bioinformatik, 30 (5), 614-620.
Bahan yang disediakan oleh Konstantin Georgievich Korotkov (Doktor Sains Teknikal, Profesor, Universiti Teknologi Maklumat, Mekanik dan Optik) dan Dmitry Vladislavovich Galetsky (Calon Sains Perubatan, I. P. Pavlov Pertama Universiti Perubatan Negeri St. Petersburg)
