Kadang-kadang terdapat keajaiban di dunia yang sukar dijelaskan dari sudut pandang sains dan versi muncul mengenai campur tangan entiti tertentu, yang dalam agama disebut Tuhan, Pencipta, dan juga entiti kuat lainnya. Para saintis telah lama berusaha untuk menerangkan misteri Api Kudus, dengan mempercayai bahawa ini mungkin merupakan salah satu tipuan terbesar umat manusia. Skeptis sering menggunakan pelbagai kaedah untuk mengecualikan kemungkinan ketuhanan dan mistik di dunia kita.
Terdapat beberapa versi asal api Suci, di antaranya terdapat teori asal asing dan versi proses kimia yang mungkin tidak difahami oleh banyak orang dan dipercayai akan keajaiban ilahi. Para menteri yang berlainan agama tidak sering membenarkan para saintis meneliti pelbagai kuil dan artifak, tetapi kadang-kadang perkara itu berlaku. Sebagai contoh, pada tahun 2008 ahli fizik Rusia Andrey Volkov berjaya mendekati rahsia Api Suci, tetapi penyelidikannya hampir tidak dapat disebut sebagai hujah yang memihak kepada sains, inilah yang ditulisnya:
Walaupun terdapat kejadian aneh dengan Volkov, saya tidak benar-benar mempercayai asal-usul ilahi dari keajaiban ini. Nampaknya bagi saya bahawa ini adalah tipuan agama bagi orang untuk meyakinkan sebilangan besar orang tentang kewujudan dan kuasa Tuhan. Pekerja gereja sering mengambil langkah seperti itu, tetapi sering kali menghalang para saintis untuk melakukan penyelidikan keajaiban tersebut.
